1 - Le bathyscaphe a disparu !
Suite à une attaque organisée par une mystérieuse organisation près de la faille du Japon, le docteur Oki et ses petits-fils ; Goro et Susumu se rendent sur place avec un sous-marin. Mais la veille du départ, des espions se sont introduits dans le laboratoire de l'institut d'études des mers…

2 - Le super sous-matin appareille !
Le docteur Oki et son petit fils ; Goro ont disparu . Tandis qu'ils interrogent deux êtres de l'Empire de la mer ; Ze Stronestro et Ze Stroger, Susumu découvre que les opérations de l'institut Oki ne sont pas ce qu'il croyait ; si pacifiques !

3 - Duel à 12 000 mètres !
Le Submarine Super 99 tombe dans un pièce tendu par l'Empire des mers tandis qu'il réponds à un faux SOS. Susumu retrouve la trace du premier sous-marin; le Kuroshio qui avait disparu.

4 - Un raid disparu !
Après avoir visionné un film trouvé sur le sous-marin, Susumu va chercher par tous les moyens à retrouver le siens. Ze Stronestro pose une bombe sur le Submarine Super 99…

5 - Le défi du jeune guerrier !
Le Submarine Super 99 parcours la faille du Japon afin de trouver l'Empire des mers. Mais les courants marins de la faille mettent le sous-marin en danger et une avarie survient…

6 - Les mains en l'air !
Le Submarine Super 99 est obligé d'abandonner Susumu dans la faille. Ce dernier reprends connaissance auprès de Ze Stronestro et Ze Stroger qui vont l'aider. Il lui explique leur perte de confiance dans le général Hell Deathbird…

7 - Le traquenard !
Tandis que l'Empire des mers assemble un arsenal de sous-marin de guerre de type Z, Susumu remonte à la surface pour y prendre les plans du moteur à énergie du Docteur Oki. Pendant ce temps, Miyuki fait de terribles découvertes en analysant les données prises par le Submarine Super 99.

8 - Le couronnement de l'Empereur !
Tandis que le général Hell Deathbird et Ze Strait renversent la Reine Ze Violencia et s'emparent du pouvoir, le Submarine Super 99 est équipé d'un nouveau système de visée. Et Susumu explore une étrange manoir sensé appartenir à l'Empire des Mers.

9 - La décision d'un illustre amiral !
Le Submarine Super 99 s'oppose aux bâtiments de l'Empire de la Mer qu'il met en déroute. Pendant ce temps, le docteur Oki et Goro parviennent à s'échapper. Mais le général Hell Deathbird prépare une nouvelle attaque contre le Submarine Super 99.

10 - Destruction de l'empire !
Le docteur Oki et Goro retrouvent enfin Susumu et le Submarine Super 99. Pendant ce temps, le général Hel Deathbird décide de réduire l'Empire des Mers à néant.

11 - Adieu, Illustre amiral !
Tandis que le général Hell Deathbird a commencé l'attaque et la destruction de l'Empire des Mers, le peuple aquatique commence sa migration pour lui survivre.

12 - Le combat final !
Le général Hell Deathbird se retire dans une base secrète tandis qu'il laisse Yana se charger de surveiller ses arrières. Le Submarine Super 99 arrive en vue de Yana pour le combattre.

13 - Vers un nouvel océan !
Dans la base secrète, les membres du Submarine Super 99 incite la reine Ze Violencia à prendre la fuite avant que le général Hell Deathbird n'engage le combat final pour tout détruire…

Préservation de nos environnements !
Comme toutes les créations de Leiji Matsumoto, Submarine Super 99 ne fait pas exception à la règle (bien qu'il ait été créé avant tous les autres) en matière de relation avec notre monde (ici les océans). Les rapports humains sont au coeur de l'action avec cette bataille pour ce chacun pense être son droit et utilisation exclusifs ; la propriété de la nature. On y trouve également ces relations si chères à Leiji Matsumoto que sont les rapports entre soeur et frère, cette rivalité "amoureuse" constamment sur le borderline. Et tous les sentiments, haine et passion qui font de ce "Sea opera" une continuité dans la saga Matsumoto...

La femme, enfin au centre du pouvoir !
Un fait marquant dans cet animé et que l'on retrouve également dans les autres mangas du maître, ce sont les personnages qui tiennent les rênes du pouvoir ; en l'occurence, les femmes ! C'est assez avant-gardiste et assez flagrant pour que l'on en parle. On les retrouve ainsi successivement dans Submarine Super 99 (la reine Ze Violencia), dans Albator (Sylvidra), dans Space Symphony Maetel et Galaxy Express avec La Andromède Promethium ainsi que dans The Galaxy Railways avec la reine des forces d'Alfort. Matsumoto nous livre au travers de son oeuvre, sa version du monde, avec des destinées fortes et des personnalités déterminées et pas toujours du côté ou on les attend. On retrouve d'ailleurs ce puissant trait de caractère chez Emeraldas dans Albator 84, CosmoWarrior Zero, Harlock Saga, Space Symphony Maetel et Galaxy Express.